Logo SMP 3 Sapeken

Bentuk:

Memiliki 5 lancip : Berdasarkan Pancasila

Peta Sepanjang : Lembaga berlokasi di pulau ini

Obor : Penerang dalam kegelapan

Sepanjang Berbudi : Motto yang mengilustrasikan,

berperilaku santun, sopan dan

budi pekerti yang luhur.

Warna :

Kuning : Jenjang sekolah (SMP)

Merah : Warna api yang tak kunjung padam selalu bersinar sepanjang masa.

Hijau : Kesejukan